In einem Ton- oder Gesteinsgranulat sind in der Regel keine pflanzenverfügbaren Nährstoffe enthalten. Eine regelmäßige Düngung von Hydrokulturpflanzen ist daher besonders wichtig. Da durch das Fehlen von Erdbestandteilen die chemischen Bodeneigenschaften unnatürlich sind, ist ein normaler Pflanzendünger nur bedingt für die Hydrokultur geeignet.
Ein Erdboden fungiert als chemischer Puffer. Dies ist wichtig, weil Pflanzen nach Bedarf Mineralien aufnehmen. So ändert sich ständig das chemische Gleichgewicht zwischen Kationen und Anionen. Ein Boden ist ein Kationenaustauscher und hält so den pH-Wert aufrecht. Hydrokulturdünger verwenden deswegen chemische Puffer, die diese Funktion übernehmen. Dazu werden zum Beispiel Ionentauschgranulate eingesetzt, die die Pflanzen mit Nährstoffen versorgen und gleichzeitig im Wasser vorhandene, für die Pflanzen im Überschuss unverträgliche Mineralien wie Kalk binden.
Hydropflanzendünger sind Volldünger, die auf die speziellen Bedürfnisse von erdelos kultivierten Pflanzen abgestimmt sind. Auch alle notwendigen Mikronährstoffe sind enthalten. Sie sind vollständig wasserlöslich und frei von Stoffen, die sich im Substrat ablagern (zum Beispiel bestimmte Salze).
Der Wasserstand ist bei der Hydrokultur entscheidend. Er sollte auf ein bestimmtes Maß absinken, bevor wieder aufgefüllt wird. So erhalten die Pflanzen Sauerstoff für die Wurzelatmung, ansonsten droht Fäulnis. Bei der mikrobiellen Umwandlung von Ammoniumionen in Nitrationen wird Sauerstoff verbraucht, der dann für die Wurzelatmung nicht mehr zur Verfügung steht. In Hydrokulturdüngern sind daher vor allem Nitrate zur Stickstoffdüngung enthalten.
Bei Hydrokulturdüngern in Granulatform sind die Nährstoffe an ein Ionenaustauscherharz gebunden. Dieses gibt Nährstoffe in kleinen Mengen an die Nährlösung ab und nimmt dafür Bestandteile aus ihr auf, die nicht für die Pflanzenernährung benötigt werden, mitunter sogar schädlich sind.
Die flüssigen Hydrodünger bestehen aus Wasser und darin gelösten, voll wasserlöslichen Nährsalzen.
Hydrokulturdünger werden meist als Langzeitgranulate verabreicht, die bis zu vier Monate lang Nährstoffe an die Nährlösung im Hydrokulturgefäß abgeben. 30–40 ml Granulat pro halben Meter Pflanzenhöhe gelten als ausreichend. Flüssigdünger werden in wöchentlichen, im Winter bis vierwöchentlichen Anständen nach Gebrauchsanweisung angewendet.
Bei den sogenannten Ionentauschergranulaten wie Lewatit HD 50 werden immer nur so viele Nährstoffe freigesetzt, wie verbraucht wurden. Flüssighydrodünger wirken nur wenige Tage bis Wochen und müssen deshalb regelmäßig zugegeben werden.